番茄栽培过程中经常出现生理性病害，对产量和品质影响很大。最常见的有畸形果、空洞果、脐腐病、裂果、筋腐病、日烧病、着色不良等。　　 
        畸形果。主要发生于花芽分化及发育时期，在低温、多肥（特别是氮素营养过剩）、水分和光照充足下，生长点部位营养积累过多，正在发育的花芽细胞分裂过旺，心皮数目过多，开花后由于各心皮发育不均衡而形成多心室的畸形果。畸形果中的顶裂型或横裂型果实，主要是由于花芽发育时不良条件抑制了钙素向花器的运转而造成。另外，在营养不良条件下容易形成尖顶果。为防止畸形果的发生，育苗期间温度不宜控制过低，水分及营养必须调节适宜。　　 
        空洞果。其发生有两个原因：一是由于开花时不良条件的影响，不能正常受精，果内无子，果实胎座发育差，形成空洞果。二是使用生长刺激素时，由于浓度过高，或在蕾期处理，易产生空洞果。栽培中采用人工受粉、适时适量使用激素，就可避免空洞果的发生。　　 
        脐腐病。果顶部分缺钙是发生脐腐病的主要原因。造成果实缺钙有三个原因：（1）土壤缺钙、（2）地温高、土壤干燥、土壤溶液浓度过高，特别是钾、镁、氨态氮过多，影响植物对钙的吸收。（3）在高温条件下，钙在植物体内运转速度缓慢。防止脐腐病，酸性土壤应施用石灰调节，施肥时注意维持土壤的适宜浓度，适当控制氨态氮的用量，尽量避免土温过高及土温的激烈变化，结果期经常保持土壤湿润。还可用0.5%氯化钙喷射新叶和新出现的花序来预防脐腐病。　　 
         裂果。裂果的类型很多，有的以萼片为中心，同心圆状裂开，有的呈放射状裂开，也有不规则的侧面裂果或裂皮。一般大果品种及成熟果容易裂果，特别是在果实肥大初期，高温、强光及土壤干燥条件下，果肩部表皮老化，遇降雨或大量灌水，果实迅速膨大而产生裂果。防止裂果，除选择抗裂果品种外，应避免果实受强光直射，结果期保持土壤均匀的湿度。还可增施硼素肥料，增强果皮的可塑性。　　 
        筋腐病。分褐变型和白化型。褐变型果实内维管束及周围组织褐变，白化型果皮及果壁硬化、发白。两种类型都是由多种不良条件诱发的病害。防止筋腐病，应创造番茄正常生长的适宜条件，适当增施钾肥，氮肥施用要以硝态氮为主。　　 
       日烧病。在夏季高温季节，由于强光直射，果肩部分温度上升，部分组织烫伤、枯死，形成日烧病。叶面积较小、果实暴露或果皮薄的品种易发病。为防止日烧病，应在结果期避免果实的日灼，最好采用圆锥架或人字架，绑秧时将果穗放在架内叶荫处，适当增施钾肥可增强其抗性。　　 
       着色不良。果实充分肥大后，其着色好坏除与温度有关外，还与营养素的供给有密切关系。氮素、钾素、硼素缺乏时，果实着色不良，而且缺钾时果实维管束易木质化，缺硼果肩残留绿色。果实膨大盛期，果内水分缺乏，也会使果皮呈网目状，果肉硬化，着色不良。所以,生产上要控制好温度、水分，注意均衡营养。