近年来市场对双孢菇质量的要求不断提高，大个菇不受欢迎，一些菇农因不能紧跟市场需求生产一定规格的商品菇，造成增产不增收。采用以下几种措施可控制其规格。
　　更换菌株 现普遍使用的菌株“2796”是一种大粒型品种，其主要优势为适应性广、抗逆性强、个头大、产量高，但符合要求规格的相对较少。因此，在有订货合同时可更换小粒型菌株。
　　改变覆土 覆土层较厚时土层中菌丝密布，但不易纽结，一旦纽结现蕾，周围菌丝便集中营养及水分供应，势必长成大个头子实体。一般正常覆土厚3～5厘米，调整为覆土2厘米厚，菌丝易纽结现蕾，现蕾时形成生存竞争，不易产生大个菇。 
　　适当提温 双孢菇生长适温为15～20℃，适当提高棚温可有效增加现蕾数量，使子实体个头大多处于中等偏下水平。