粗柄菇菇原基发生后，菌盖分化和发育速度不正常，表现为菌盖小，菌柄长，且柄粗质硬，商品价值较低。发生的主要原因是采用了闷闭式保温防寒措施，导致供氧不足，菇体内养分运输失去平衡。防止措施:遇连续低温天气，产菇的菇棚采取闷闭式保温防寒时要注意在中午进行短时间通风换气，但切忌大风直吹料面，防止造成幼菇死亡。
　　蓝色菇菇体生长时，菌盖边缘产生蓝色晕圈，严重时甚至整个菇体如同泼上蓝墨水，直到菇体采收也不褪色。产生原因:采取柴火、煤火等方式增温，使菇棚内一氧化碳有毒气体增多，造成菇体中毒，刺激菇体发生变色反应。防止措施:冬季菇棚增温以日光、暖气、电热等为好，如采用柴火、煤火加温，必须安装封闭的传热排烟管道排烟。
　　瘤盖菇菇体发育过程中，生长较慢，菌盖表面出现瘤状或颗粒状的突起物。受害严重时，菌盖僵缩，菇质硬化，停止生长。产生原因:菇体发育时温度过低，低温持续时间太长，造成菌盖内外层细胞伸长失调。防止措施:必须弄清栽培品种菇体正常发育能耐受的最低温度，冬季栽培应选择中低温型品种，同时加强保温增温措施，控制好菇棚(室)出菇温度。通常中温型品种菇棚温度应控制在8℃以上，低温型品种应控制在0℃以上。