春季银耳栽培大多数是绿霉为害，也有部分根霉、毛霉污染，而链孢霉极少。绿霉、毛霉、根霉常发生在菌袋接种穴边，或接种后９－１０天两穴菌圈接头时，在菌丝前端出现，也有在袋壁出现。绿霉也发生在子实体上。使耳片霉烂。链孢霉多发生在袋口扎缝隙。造成污染原因主要由于料袋灭菌不彻底，无菌操作不严，袋膜破孔，菌种不纯带染或环境污染受害等。
避免杂菌污染，关键做好以下几方面：
１、净化菇房环境：经常清理环境卫生，并撒石灰粉消毒：房内栽培前严格消毒杀菌，杜绝污染源。
２、精选原辅料：棉籽壳、麦麸要求无结块、无霉烂变质，并置于烈日曝晒杀菌，栽培袋事前检测质量。
３、规范菌袋生产：培养料含水鼍掌握不超６０％，装袋上灶时限不超６小时，防止料变酸。灭菌要求上１００℃保持２４小时，中途不降温。
４、坚持无菌操作：接种室彻底消毒灭菌，选用合格消毒剂，可用超强型洁净精，每袋加水１０－２０千克，喷洒空间和架床、场地，然后用消毒盒每立方米不少于５克，灭菌时间１小时。接种要求过精酒灯火焰。
５、菌种严格把关。精选菌种，春季银耳菌种要求香灰菌丝强些，避免接种后遇低温退灰影响长耳。抄菌注意按种箱消毒，运菌防止破瓶脱塞。
６、污染袋处理：受杂菌危害的污染袋应区别处理：轻度污染采取套袋扎口，控制蔓延，再灭菌接种；重者破袋取料，加１－２％石灰拌匀，闷２４小时后摊晒，用于下次再利用栽培。子实体被绿霉污染，应提前采收，并用ＰＨ８石灰上液清液涂擦耳基，控制蔓延。
二、消灭害虫
１、菌蚊 主要是小菌蚊。防治措施：经常清理环境卫生，撒石灰粉消毒；门窗安装纱网，网上定期喷除虫菊液或抑太宝２０００倍液；房内安装黑光灯诱杀。盛发期农药限用低毒、低残留品种，如锐劲特３０００倍液喷洒杀灭，也可点燃蚊香、或用卫生丸粉碎熏蒸杀灭。
２、螨 又叫菌虱，品种很多，常见有蒲螨和粉螨两种。防治办法：原料仓库要远离菇房，用前曝晒；四周环境要清除干净；菌袋开口前消毒，提前１天用７３％克螨特３０００倍液喷洒，再把室温调到２０℃，关闭门窗进行空房彻底消毒，然后排除药残气味后，启开胶布；子实体生长前期发生螨害时，可用鲜烟叶平铺在菌袋旁，诱螨紧集叶上，然后取出用火烧死：也可用茶籽饼研成粉，微火炒至油香时出锅，撒在螨害处，诱集后取出沸水烫死。在不得己情况下可用２０％双甲脒乳油１０００－１５００倍液喷洒杀灭。
３、线虫 防治办法：培养基灭菌要彻底，水源应检测，菇房事先严格消毒，喷水不宜过湿，并注意通风。若在菇房出现线虫，可用０。５％石灰水或１％食盐水，在阴凉天喷洒２－３次，并在菇房地面撒石灰粉消毒。长耳期可用１％冰醋酸或２５％米醋溶液洒滴病斑。
三、病害的防治
银耳病害分为侵染性病害和非侵染性病害，侵染性病害由病原菌引起，非侵染性病害，有的是生理性病变引起，有的是生产管理失控造成。
１、白粉病 又叫白腐病，病源菌为顶孢头霉。防治办法：加强菇房通风降湿，幼耳发生时可喷石灰硫磺合剂，并提前采收，用利刀连根刮除，耳基可涂抹４％石炭酸溶液，傍晚用５０％霉腐剂粉剂烟熏。
２、僵缩病 病原菌茄镰孢霉。防治办法：原料曝晒，配料含水量不应过高６０％；穴口揭布前用５０％敌敌畏乳油１０００倍喷洒杀菌；割膜扩穴后空间湿度不超８０％；幼耳阶段发生时，可喷ＰＨ８的石灰上清液，成耳期提前采收，并用５％石灰水浸泡清洗后再加工干制。
３、黑蒂头 防治办法；发菌培养不超２８℃为好，适时开口割膜扩穴增氧，促进菌丝正常新陈代谢；幼耳阶段喷水宜少宜勤，不宜过量，防止耳基旁积水：同时注意通风换气。
４、烂耳 防治办法：防止培养基变酸，料袋灭菌后注意散热，发菌培养防止超温。长耳阶段控制２３－２５℃，及时通风，喷水适量，空间相对湿度８５－９５％之间。幼耳发现烂耳及时摘除、挖基，用石灰水涂擦后，再用１００％甲基硫灵１０００溶液喷洒控制；成耳霉烂提前柴收，并用２５％福美双１５００倍液涂沫，控制病原菌蔓延。