食用菌菌糠中富有丰富的有机质和多种矿物质元素。据河南省农业科学院土壤肥料研究所检验分析：总氮：1.95%，总磷：1.37%，总钾：1.75%，有机质：62.3%。菌糠中含有钙、磷、钠、铜等多种微量元素，利用菌糠作有机肥，能减少化肥和农药的施用量以及它们在农产品中的残留量，同时提高农产品产量和品质，为有机粮食生产提供了保证。土壤中施用食用菌菌糠有机肥后，可形成具有良好通气蓄水能力的腐殖质，对改良土壤、提高土壤肥力具有重要意义。此外，食用菌菌丝体生长过程中还分泌出某种激动素物质和酶，而这些酶可以使复杂的有机物分解成易被植物吸收的营养物质。日本采用食用菌菌糠中菌丝浸出物的稀释液制成植物激素，喷洒于黄瓜、西红柿、茄子、扁豆、大豆等作物上，能促进作物生长，增加产量。例如使用于大豆作物，可使大豆茎叶茁壮，抗病力增强，增长2.6倍。在废菌糠中加入有益生物菌或施入适宜的菌制剂在多种蔬菜作物的实验中发现，施用微生物加菌糠效果最好，提供植物营养活性，降低农业生产成本，能够显著提高作物的产量。另外，食用菌菌糠配置有机营养土在花卉方面也有广泛的利用。添加菌糠肥的营养土栽培山茶、兰花等花卉，不但使花卉抗病力增强，对其品质也有促进作用，能满足花卉生长发育的需要，是一种代替腐殖土的宝贵资源。