微量元素包括硼、锌、钼、铁、锰、铜等营养元素。虽然植物对微量元素的需要量很少，但它们对植物生长发育的作用与大量元素是同等重要的。当某种微量元素缺乏时，作物生长发育会受到明显的影响，产量降低，品质下降。另一方面，微量元素过多会使作物中毒，轻则影响产量和品质，严重时甚至危及人畜健康。为提高肥效，减少伤害，施用微肥时应特别注意以下事项：
　　1．根据土壤中微量元素的丰缺状况，采用缺什么补什么，不可盲目施用和过量施用。作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄，因此，施用微量元素肥料要严格控制用量，防止浓度过大，施用必须注意均匀。也可将微量元素肥料拌混到有机肥料中施用。
　　2．根据土壤的酸碱度施用。土壤pH过高时，会降低土壤中锌、铁、硼、锰、铜等元素的有效性；而在酸性土壤常会引起作物缺钼。所以应根据土壤的酸碱度，有针对性地施用微肥。
　　3．根据作物对微量元素的反应选择施用。各种作物对不同的微量元素有不同的反应，敏感程度不同，需要量也不同，施用效果有明显差异，如玉米施锌肥效果较好，油菜对硼敏感，禾本科作物对锰敏感，豆科作物对钼、硼敏感。
所以，要针对不同作物对不同微量元素的敏感程度和肥效，合理选择和施用。
　　4．根据天气状况补充相应的微量元素。温度和雨量会影响土壤中微量元素的释放和作物对它们的吸收。如早春遇低温时，早稻容易缺锌；冬季干旱，会影响根系对硼的吸收；降雨量较多的地区，尤其质地较粗的土壤，容易引起土壤铁、硼、钼等的淋洗，会促进作物产生缺铁、缺硼、缺钼症。因此，要根据天气状况补充相应的微量元素。
　　5．注意与大量元素肥料、有机肥料配合施用。只有在满足了作物对大量元素氮、磷、钾等需要的前提下，微量元素肥料才能表现出明显的增产效果。有机肥料含有多种微量元素，作为维持土壤微量元素肥力的一个重要养分补给源，不可忽视。施用有机肥料，可调节土壤环境条件，达到提高微量元素有效性的目的。